サーバーエクスプローラーから始めてモバイルサービスに接続する場合、Windows Azureに接続しただけでは、すでにモバイルサービスを利用していてもサーバーエクスプローラーに既存のモバイルサービスが表示されません。
クラウドサービスなどはノードをクリックすれば既存の情報を取得してくれます。
しかし、モバイルサービスの場合、[Windows Azure]ノードをクリックして、[サブスクリプションの管理]でサブスクリプションまで指定しないと表示が行われません。
サブスクリプションまで指定すれば、Visual Studioを上げなおしてもサーバーエクスプローラーの[モバイルサービス]ノードにはAzure上に定義済のモバイルサービスが一覧表示できます。
他と異なるため新規にモバイルサービスを追加しないとダメなのかと勘違いしてしまいました。このあたりはぜひ改善していただきたいところです。